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Der Innenraum der Marienkirche ist ein einschiffiger Hallenbau von 40 Metern Länge, 17,5 Metern Breite und ca. 22 Metern Höhe. Im Osten schließt sich der einschiffige Chor mit 3 Fensterachsen an. Aufgrund der beachtlichen Größe und der kathedralenartigen Akustik wird die Kirche auch oft als "Juradom" bezeichnet.

Auch im Innenraum sieht der Besucher überwiegend Treuchtlinger Marmor und Holz verwendet. Der große Hochaltar, auf dem das Tabernakel steht, besteht aus einer einzigen massiven Marmorplatte von mehr als 2500 Kilogramm Gewicht.

Hochaltar mit Teilen des Altarfreskos (Franz Luibl, München, 1960)

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Blick von der Kanzel ins Kirchenschiff mit Kreuzwegsmalerei . Blick von der Orgelempore bei schönem Nachmittagslicht .

Aus der abgetragenen Vierzehn - Nothelfer - Kapelle dürften die fünf spätgotischen Figuren aus dem Linken Seitenaltar stammen; sie werden Hans Pildschnitzer, dem Meister des Eichstätter Domaltares (um 1510), zugeschrieben. Es handelt sich um die Heiligen Sebastian (1.v.l.), Martin (2.v.l.), Willibald (4.v.l.), sowie Christophorus (5.v.l.). Aus der Lambertuskirche stammt der in der Mitte stehende St. Korbinian mit dem lastentragenden Bären (oder St. Gallus, der einen Bären als Haustier gehalten haben soll?)
Unter den Heiligen befindet sich aus dem Hauptaltar der Vierzehn - Nothelfer - Kapelle die Predella - Tafelmalerei mit den vierzehn Nothelfern. Diese wurde im Jahre 1614 von Gottfried Heinrich von Pappenheim gestiftet.

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Der rechte Seitenaltar wird von der Treuchtlinger Madonna geziert, die das Jesuskind mit einer Traube in der Hand auf dem Arm hält.

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Die Orgel der Marienkirche wurde von der Fa. Matthias Kreienbrink aus Osnabrück gebaut und am 24.11 1968 eingeweiht (Weiheorganist war Franz Lehrndorfer, der ehem. Organist des Münchner Liebfrauendomes). Eine Besonderheit dieses Instrumentes liegt in der Intonation auf offenem Fuß bei niedrigem Winddruck (der sog. Kernspaltenintonation), was ihr eine ganz eigene Klangcharakteristik verleiht, den gewaltigen Innenraum allerdings nicht so recht zu füllen vermochte.

Eine zehnwöchige Überholung wurde Ende September 2009 durch Orgelbauer Dieter Hausmann abgeschlossen; diese beinhaltete eine gründliche Ausreinigung,
die komplette technische Revision von Mechanik sowie Elektrik, Einbau eines neuen Gebläsemotors samt Gehäuse, Politur der Prospektpfeifen,
den (reversiblen) Austausch des Registers Nonsept im Schwellwerk gegen eine mit der Spitzgamba korrespondierende Schwebung 8´
sowie eine behutsame - unter Beibehaltung der Grundcharakteristik durchgeführte -  Anpassung der Intonation (des Klanges bzw. Klangvolumens) an den Raum.
 

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